龚慈恩生于1963年9月17日，父母都是基督教徒，她的名字取自基督教教义中慈悲恩典的含义。龚慈恩的父亲是会计师，母亲在电视台做幕后工作，她是家中独生女，从小就喜爱歌舞。中学毕业后，龚慈恩在一家琴行当了一名钢琴教师。恰好香港电台电视部的一个少儿节目《香蕉船》招考主持人，龚慈恩的老板力荐她参选，一举中标，龚慈恩由此踏入娱乐圈。
1984年，龚慈恩报考无线第一期艺员进修班，成为旗下艺员。
1984年，龚慈恩参演汪明荃主演的电视剧《秋瑾》，饰演秋瑾的同学；同年在苗侨伟、翁美玲主演的古装武侠电视剧《楚留香之蝙蝠传奇》中饰华真真。1985年5月，与周润发、关礼杰一起演出《大香港》，饰演女主角舒薇；同年9月，参演TVB台庆剧《杨家将》饰演杨四娘。周海媚、邵美琪、邓萃雯、黎美娴等人一道被称为“新姐仔”，倍受无线的力捧。
1988年，参演电视《飞虎群英》，饰演从大陆偷渡到香港的舞女艾丽塔，与关礼杰饰演的黑帮大哥刘传亨有感情戏。
1990年，龚慈恩赴中国长春拍摄金庸武侠剧《雪山飞狐》，一人分饰程灵素和冰雪儿两个角色。1995年，龚慈恩应邀赴马来西亚拍剧，主演《蒲公英》、《最爱是谁》和《豪门劫》等电视剧。
1996年，参演张卫健版《西游记》饰演观音；1997年，龚慈恩接拍亚视武侠剧《雪花神剑》，演绎女主角聂小凤。
2010年2月，参演的情景喜剧电视剧《跟红顶白大三元》在江苏综艺频道开播出，饰演马玲珑。
2012年初，客串邵氏贺岁片《2012我爱香港喜上加帧罚煌年，加盟王维基的香港电视HKTV。